Ich habe heute die mögliche Ursache gefunden:
Die Benachrichtigung bei neuen Einträgen wird in function.php unter admFuncEmailNotification erzeugt, und verhält sich dort anscheinend korrekt bei Wahl von ISO-8859-1, d.h. es nutzt utf8_decode und schickt direkt mit mail(...) die Nachricht los, die dann korrekt kodiert ankommt.
Die anderen Systemmails werden hingegen in system_mail.php generiert, das nutzt email.php. Dort wird mit
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$this->charset = $gPreferences['mail_character_encoding'];
$this->mail_body = $this->mail_body.'Content-Type: '.$contentType.'; charset='.$this->charset."\nContent-Transfer-Encoding: 7bit\n\n";
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if($this->charset == 'iso-8859-1')
{
utf8_decode($this->mail_body);
}
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$this->mail_body = utf8_decode($this->mail_body);
Dass UTF8 bei den Systemmails in system_mail.php ebenfalls korrekt funktioniert, zeigt dass in admFuncEmailNotification das Charset der Mail genauso eingetragen werden muss. Dann würde es dort auch funktionieren.